黄山の気候は亜熱帯季風湿潤気候に属し、四季の移り変わりがはっきりしています。黄山の麓と頂上の気温は大体10℃ぐらいの差があります。そのため、黄山の気候は麓と頂上でかなり違います。麓は亜熱帯性気候で、頂上に行くと寒帯に変わります。同じ山の中に三種類も気候があり、その差におどろく観光客の方も多いようです。黄山の頂上の平均温度は29.25度で、最も暑い時期はは7月で、平均温度はマイナス3.1度。夏は涼しく、酷暑がなく、冬は暖かくて、厳寒がない、とても観光に適した気候です。
黄山は中国の南部に位置し、海に近い。太平洋上空の水蒸気が暖気団に変わり、東南モンスーンを形成して、必ず黄山の上空を通ることから、黄山地域は梅雨の季節があり、6月から7月までの一ヶ月間はよく雨が降ります。よく雨が降ったり、曇ったりするので、年間の日照時間はわずか151日だけです。黄山は安徽省で降雨量の最も多いところです。年間を通じた雨の日は約182日もあります。平均降雨量は2395ミリで、一日最大降雨量は247.3ミリです。最長連続降雨は40日も続いたことがあります。最も雨の多い季節は春と夏で、中でも5月には豪雨がよく降ります。6月から7月の上旬にかけては、梅雨の季節で、降雨量は年間の48%を占めます。黄山は頂上から麓までの落差が大きいため、冬になると、麓に雨が降り、頂上はよく雪になります。年間を通じた平均降雪日は49日です。頂上の最大積雪は68センチで、麓の最大積雪量は21センチです。山頂は風が強くて、年間平均風速は5.8メートル/秒です。年中南西の風が一番多く、北西の風がその次になります。